Ông đã kết hôn với Minamoto no Rinshi, hay Michiko (源倫子) (Nguyên Luân Tử), con gái của Tả đại thần Minamoto no Masanobu. Họ có sáu người con.

• Shōshi (彰子) (Chương tử) hay Jōtōmon-in, 上東門 院 (Thượng Đông Môn Viện) (988–1074) - Hoàng hậu của Thiên hoàng Ichijō.
• Yorimichi (頼通) (992–1074) - quan nhiếp chính cho Thiên hoàng Go-Ichijō, Thiên hoàng Go-Suzaku và Thiên hoàng Go-Reizei.
• Kenshi (妍子) (994–1027) - phối ngẫu của Thiên hoàng Sanjō.
• Norimichi (教 通) (996–1075) - quan nhiếp chính cho Thiên hoàng Go-Sanjō và Thiên hoàng Shirakawa.
• Ishi (威子) (999–1036) - phối ngẫu của Thiên hoàng Go-Ichijō.
• Kishi (嬉子) (1007–1025) - phối ngẫu của Thái tử Atsunaga (sau này là Thiên hoàng Go-Suzaku).

Ông cũng đã kết hôn với Minamoto no Meishi (源明子) (Nguyên Minh Tử), con gái của Tả đại thần Minamoto no Takaakira. Họ có sáu người con.

• Yorimune (頼 宗) (993–1065) - phong làm Hữu đại thần.
• Akinobu (顕 信) (994–1027) - Ông trở thành linh mục năm 19 tuổi.
• Yoshinobu (能 信) (995–1065) - phong làm Đại nạp ngôn.
• Kanshi (寛子) (999–1025) - phối ngẫu của Hoàng tử Atsuakira (hay Ko-Ichijō-in).
• Takako (尊子) (1003? –1087?) - kết hôn với Minamoto no Morofusa.
• Nagaie (長 家) (1005–1064)- phong làm Đại nạp ngôn.

Michinaga cũng có một cô con gái với một người phụ nữ không rõ tên:

• Seishi (盛子) (? -?) - kết hôn với Thiên hoàng Sanjō